Södertörnssamverkan är huvudsakligen en genomförandeorganisation. Därför är det centralt att organisationen svarar mot de mål och intentioner som finns för samverkan. Det som beskrivs nedan är grundorganisationen för Södertörnssamverkan.
I samarbetskommittén ingår respektive kommuns kommunstyrelseordförande. Samarbetskommittén är beslutande organ i samverkan och ansvarig för att formulera visionen och de strategiska målen. Kommittén träffas minst sex gånger per år och har en årlig planeringskonferens. Kommundirektörerna deltar vid kommitténs möten.
Kommittén ska årligen inom sig utse ordförande och vice ordförande.
Ledningsgruppen bemannas av respektive kommuns kommundirektör, och leds av en ordförande som utses inom ledningsgruppen.
Syftet är dels att förbereda samarbetskommitténs möten, dels att samordna övriga samverkansfrågor mellan Södertörnskommunerna. Ledningsgruppen ansvarar också för arbetet med att realisera utvecklingsprogrammet.
Kansliet bemannas och resurssätts utifrån utvecklingsprogrammet inriktning och innehåll samt de uppdrag och aktiviteter som ska genomföras. Kansliet samordnar Södertörnssamverkans arbete. Kansliet finansieras gemensamt och leds av en strateg. Kommundirektören i Huddinge har arbetsgivaransvar för kansliets personal.
Varje nätverk bemannas av en person per kommun. Nätverken utgör Södertörnssamverkans genomförandeorganisation. Nätverken agerar som beredningsgrupper till ledningsgruppen. Inriktning och uppdrag styrs av utvecklingsprogrammet och konkretiseras i den årliga verksamhetsplanen. Kommundirektörerna utser vilka personer som ska ingå i nätverken, och arbetet samordnas av kansliet. Nätverken organiseras på följande sätt:
Riktlinjer och mer beskrivning av nätverkens syfte, funktion och uppdrag beskrivs i dokumentet Direktiv för medverkan i nätverk Södertörnskommunerna.
Om ledningsgruppen ser behov av att sätta samman temporära grupperingar i form av arbetsgrupper eller korsfunktionella nätverk finns även möjlighet till det. Arbetsgruppernas bemanning beslutas av ledningsgruppen. Arbetet samordnas av kansliet om inget annat beslutas.